La microscopia confocale viene usata per:
analizzare i nevi e comprendere se vanno davvero asportati;
patologie dermatologiche con quadro clinico poco chiaro;
psoriasi, eczemi, alopecie, vitiligine;
lesioni dubbie al volto, dove la biopsia causerebbe un danno estetico;
valutare l'efficacia di trattamenti;
analizzare lesioni piccolissime, difficili da ispezionare col dermoscopio;
tutte le volte che il dermatologo eseguirebbe una biopsia;
tumori non melanoma;
chiazze ipocromatiche e ipercromatiche, così da diagnosticare la patologia correlata.