La microscopia confocale può essere usata per:
chiazze bianche: chiarire la diagnosi;
vitiligine: confermare la diagnosi o controllare l'efficacia della terapia;
sospetti lichen o lupus: chiarire la diagnosi senza dover ricorrere alla biopsia;
alopecie del cuoio capelluto: chiarire se si tratta di forme cicatriziali e non, o per monitorare l'efficacia delle terapie.