La microscopia confocale può essere usata per diagnosticare:
nevi atipici;
nevi in regressione;
nevi in accrescimento;
nevi congeniti per monitoraggio;
lesioni di genitali maschili e femminili esterni;
nevi del cuoio capelluto.
Non può essere usata per:
nevi palmo-plantari;
nevi localizzati in aree difficili.